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~~ 图1

一、蛋白质变性导致空间结构改变如何影响质谱鉴定

1、为什么会改变蛋白鉴定结果

~~(1) 变性会改变蛋白折叠状态，使部分酶切位点暴露，也可能因聚集或沉淀降低局部酶切可及性。对于LC-MS/MS鉴定，这会影响肽段覆盖、丰度分布和重复检出。

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~~(2) 当变性伴随氧化、脱酰胺、二硫键重排或非特异裂解时，数据库搜索会出现更多可变修饰和异常肽段。参数过窄可能漏鉴定，过宽则增加搜索空间和解释压力。

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2、哪些样本更容易受到影响

~~(1) 膜蛋白、低丰度调控蛋白、胞器蛋白和多亚基复合物对前处理敏感。强变性裂解可能提高蛋白溶出，但也可能改变复合物完整性和构象相关信息。

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~~(2) 抗体、重组蛋白、蛋白药物和结构域蛋白常需要关注高级结构、二硫键连接、糖基化邻近环境或完整质量。此类项目不宜仅依赖常规肽段鉴定单独推断空间结构变化。

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二、蛋白质变性对空间结构分析的具体干扰

1、空间约束信息可能发生偏移

~~(1) 在交联质谱、氢氘交换质谱和有限蛋白酶解质谱中，检测信号与构象可及性密切相关。若蛋白质变性导致空间结构改变，交联距离、氘交换速率和酶切暴露位点可能偏离天然状态。

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~~(2) 结构质谱并非只读取序列，而是间接记录溶剂暴露程度、残基邻近关系和构象动态。pH、盐浓度、去垢剂、还原剂和温度条件应围绕研究问题与样本体系设置。

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2、复合物和动态构象可能被重新分布

~~(1) 多亚基蛋白复合物在变性条件下可能解离，弱相互作用和瞬时相互作用更容易丢失。即使质谱鉴定到各组成蛋白，也不足以单独证明它们在原始样本中保持同一空间结构单元。

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~~(2) 对native MS、SEC-MS、XL-MS或AP-MS结合结构解释的项目，样本稳定性会影响分子量分布、交联约束和互作网络可信度。不同方法对缓冲体系和去垢剂兼容性不同，需在方案设计阶段确认兼容性。

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~~ 图2

三、如何降低蛋白质变性导致空间结构信息偏差

1、从样本前处理控制风险

~~(1) 样本制备应区分“提高酶解效率的可控变性”和“破坏天然构象的非目标变性”。前者适用于序列鉴定和常规蛋白组学，后者会影响空间结构、互作和构象分析。

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~~(2) 裂解方式、还原烷基化条件、去垢剂类型、缓冲体系和保存方式均应依体系调整。结构相关项目建议先评估溶解性、聚集状态和复合物稳定性，再进入质谱检测。

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2、按研究目标选择质谱方案

~~(1) 若目标是蛋白鉴定，可采用LC-MS/MS肽段鉴定、数据库检索和序列覆盖分析，重点控制酶解重复性、肽段回收和批次一致性。

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~~(2) 若目标是空间结构分析，可结合XL-MS、HDX-MS、native MS、limited proteolysis-MS或完整蛋白质谱，从构象约束、复合物质量和可及性变化等维度建立证据链。

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~~蛋白质变性导致空间结构改变，是质谱鉴定失败、结构信息偏差和互作结果不稳定的重要原因之一。解决这一问题，需要把样本前处理、质谱检测和数据解释放在同一技术逻辑中评估，而不是把变性视为孤立步骤。如果您的研究涉及蛋白质鉴定、空间结构分析、蛋白复合物解析或变性条件优化，百泰派克生物科技可根据样本类型、研究目标和前期实验结果，协助评估样本状态、前处理策略与质谱检测路径，提供从实验方案设计到数据分析解读的技术支持。如需进一步确认检测可行性或优化分析方案，欢迎提交样本背景与项目需求，获取定制化质谱分析服务方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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