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~~ 图1

一、蛋白质测序服务有哪些：从研究问题开始判断

1、为什么蛋白质测序方案不能直接套用

(1) 样本复杂度决定检测入口

~~纯化蛋白、单一凝胶条带和明确表达产物，通常更适合进行目标蛋白确认、N端分析或LC-MS/MS序列覆盖评估。复杂样本则需要结合蛋白组学质谱分析和数据库检索进行判断。若样本中存在宿主蛋白、高丰度背景、同源蛋白或降解片段，方案设计应提前考虑特异肽段、样本前处理和结果判读边界。

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(2) 序列背景决定分析策略

~~当目标蛋白已有可靠数据库信息时，LC-MS/MS可通过蛋白酶解、肽段分离、串联质谱采集和数据库检索完成蛋白鉴定。若目标来自非模式物种、未知蛋白、特殊抗体或数据库注释不足的体系，则更适合考虑de novo测序、转录本辅助分析或多技术联合验证，以减少单一数据库依赖带来的解释限制。

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2、常见蛋白质测序服务类型

(1) N端测序服务

~~N端测序适用于确认蛋白或多肽起始端序列，常用于重组蛋白表达验证、剪切位点判断和蛋白加工形式分析。但N端封闭、混合样本或蛋白降解可能影响可解释性，因此需要结合样本纯度、理论序列、表达体系和后续质谱结果进行综合判断。

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(2) LC-MS/MS蛋白测序与鉴定服务

~~LC-MS/MS蛋白分析通过蛋白酶解、肽段分离、MS/MS碎裂和数据库检索获得蛋白身份、特征肽段、序列覆盖区域及关键谱图证据。该方案适用于凝胶条带鉴定、纯化蛋白确认、单蛋白分析和蛋白组学检测，是科研检测、项目结题和CRO服务中常用的蛋白序列分析路径。

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(3) de novo蛋白测序服务

~~de novo测序根据MS/MS碎片离子信息推断肽段序列，不完全依赖既有数据库。该方法适用于未知蛋白、特殊抗体、非模式物种或参考序列不足的样本。其结果质量与样本纯度、肽段覆盖、谱图质量和后续验证策略密切相关，通常需要结合项目目标进行定制化分析。

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二、如何根据科研目标选择蛋白质测序服务

1、目标是确认蛋白身份

(1) 优先评估LC-MS/MS鉴定条件

~~在样本质量、参考数据库和目标蛋白信息满足分析要求时，LC-MS/MS可作为蛋白身份确认的优先检测路径。该方案可用于判断条带、斑点、纯化产物或表达产物是否与预期蛋白一致，并为后续功能实验、互作验证或生物药表征提供序列层面的证据。

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(2) 关注同源蛋白和污染蛋白干扰

~~蛋白家族成员、宿主背景蛋白、角蛋白污染或非特异结合蛋白可能影响结果解释。对于高度同源蛋白，应重点关注特异肽段、理论分子量、样本来源和实验背景，而不是仅依据少量共有肽段作出结论。必要时可结合目标蛋白富集、重复验证或靶向质谱分析提高解释可靠性。

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2、目标是获得未知或特殊序列

(1) 采用de novo或联合分析策略

~~对于缺乏参考数据库的蛋白样本，可以采用de novo质谱解析，并根据项目需要结合多酶切策略、转录本信息或目标序列验证。该类项目应重点关注肽段连续性、谱图质量和序列可验证性，避免将推断肽段结果直接等同于完整蛋白序列。

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(2) 抗体测序需明确样本和用途

~~抗体测序通常关注重链和轻链可变区序列，可服务于重组表达、抗体工程化、专利布局和质量追溯。根据样本来源不同，可选择质谱测序、mRNA/cDNA测序或多技术联合方案，以提高VH/VL区域解析的完整性和可复核性。对于杂交瘤、纯化抗体或重组抗体样本，前期样本信息会直接影响技术路线选择。

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三、蛋白质测序服务的实验设计与交付要点

图2

1、为什么样本准备会影响测序结果

(1) 杂质、降解和修饰状态会影响数据解释

~~盐分、去污剂、聚合物、杂蛋白和严重降解可能影响酶解效率、肽段分离、离子化响应和谱图匹配。对于膜蛋白、低丰度蛋白、修饰蛋白或生物药样本，前处理条件应根据样本体系和检测目标调整，避免因样本状态不匹配影响后续分析。

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(2) 检测目标应与交付内容匹配

~~身份确认项目应关注特异肽段、数据库匹配证据和关键谱图；未知序列项目应关注序列覆盖、肽段连续性和验证路径；生物药或抗体项目还应关注变异位点、修饰信息、批次可比性和报告可追溯性。不同研究目标对应的交付重点不同，检测前需要明确最终数据用途。

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2、选择CRO蛋白质测序服务时应关注什么

(1) 关注实验设计与数据解释能力

~~高质量蛋白质测序服务应覆盖样本评估、技术路线设计、质谱采集、数据库检索、de novo分析、结果注释和报告解释。复杂项目应在检测前明确样本纯度、参考数据库、预期输出和验证路径，以降低结果解释阶段的不确定性。

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(2) 关注结果是否支持后续研究

~~交付内容应包括实验方法、样本处理信息、质谱数据、匹配肽段、序列覆盖、关键谱图和结论说明。对于论文发表、项目结题、工艺开发或质量研究场景，可复核的数据链条比单一结论更有价值，也更有利于后续实验设计和项目推进。

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~~总体来看，蛋白质测序服务有哪些，不能只从“N端测序、质谱测序、de novo测序、抗体测序”等名称上判断，而应围绕样本状态、数据库信息、研究目标和结果用途建立选择逻辑。不同技术各有适用边界，联合方案往往更适合解决未知序列、同源蛋白区分、抗体序列解析和复杂样本鉴定等问题。对于纯化蛋白鉴定、凝胶条带分析、抗体序列解析、重组蛋白验证及复杂样本蛋白质测序需求，百泰派克生物科技可提供从样本评估、技术路线设计到质谱检测、数据分析和报告交付的一体化支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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